Dal 1950, il MEN possiede tra le sue collezioni un fondo iconografico eccezionale sul Giappone degli anni 1860. Il fondo è composta da più di 2500 immagini (fotografie, stampe, dipinti, incisioni) raccolti da Aimé Humbert di Neuchâtel per la redazione e l'illustrazione dell'opera «Le Japon Illustré», edito da Editions Hachette nel 1870, e che fa parte dei primi libri pubblicati di un paese che si era appena aperto all'estero. In occasione del 150 ° anniversario del trattato di amicizia e commercio tra la Svizzera e il Giappone, firmato il 6 febbraio 1864, e di cui Aimé Humbert fu il direttore dei lavori, il MEN ha messo in valore questo insieme in collaborazione con delle istituzioni svizzere e giapponesi.

Con 141 stampe dell'epoca, la parte fotografica del fondo Humbert costituisce senza dubbio uno dei suoi maggiori punti di forza, in quanto comprende, oltre alle immagini di fotografi giapponesi, una importante serie di fotografie di Felice Beato. Dopo aver rapportato la guerra di Crimea, si è stabilito a Yokohama nel 1863 ed è diventato rapidamente il fotografo occidentale il più intraprendente dell'arcipelago. Su richiesta del diplomatico svizzero, riprende paesaggi e panorami e approfitta del viaggio di Humbert a Edo per realizzare delle fotografie di una capitale allora quasi completamente chiusa agli stranieri. Secondo i ricercatori Akiyoshi Tani presso l'Università di Tokyo e Terry Bennet, numerosi cliché che Felice Beato prese con Aimé Humbert sono inediti perché sono stati acquisiti prima dell'incendio del novembre 1866 che ha devastato lo studio del fotografo situato nella zona riservata agli stranieri di Yokohama. Oltre a fotografie di paesaggi e panorami, l'insieme comprende numerosi ritratti (samurai, leader locali, musicisti, artigiani ...). La dimensione delle stampe varia dal formato biglietto da visita a panorami composti da più lastre.