Seit 1950 besitzt das MEN in seinen Sammlungen einen aussergewöhnlichen ikonographischen Bestand über das Japan der 1860er Jahre. Er besteht aus mehr als 2500 Abbildungen (Fotografien, Drucke, Gemälde, Stiche), die der Neuenburger Diplomat Aimé Humbert für die Redaktion und Illustration des Werkes «Le Japon Illustré» gesammelt hatte, welches im Jahr 1870 im Verlag Editions Hachette erschien. Es handelt sich dabei um eines der ersten Bücher über das Land, das sich eben erst gegenüber dem Ausland geöffnet hatte. Anlässlich des 150. Jahrestags des Freundschafts- und Handelsvertrags zwischen der Schweiz und Japan, welcher unter der Federführung von Aimé Humbert zustande kam und am 6. Februar 1864 unterzeichnet wurde, hat das MEN in Zusammenarbeit mit schweizerischen und japanischen Institutionen die Sammlung erschlossen.

Mit 141 Abzügen aus jener Zeit, bildet der fotografische Teil des Bestands Humbert zweifellos eine seiner Stärken, da er neben Bildern von japanischen Fotografen auch eine bedeutende Serie von Fotografien von Felice Beato enthält. Dieser liess sich 1863 in Yokohama nieder und wurde schnell zum aktivsten westlichsten Fotografen des Archipels. Auf Anfrage des Schweizer Diplomaten Humbert, stellte er Landschafts- und Panorama-Aufnahmen zur Verfügung und profitierte von Humberts Reise nach Edo, um Fotografien einer für Ausländer fast vollständig gesperrten Hauptstadt zu machen. Viele Klischees, die Felice Beato mit Aimé Humbert aufgenommen hatte, blieben vermutlich unveröffentlicht, weil sie vor einem Brand erworben wurden, welcher im Jahre 1866 im Stadtviertel der Ausländer in Yokohama ausbrach und das Studio des Fotografen zerstört hatte. Neben Landschaftsaufnahmen, beinhaltet der Bestand zahlreiche Portraits (Samurai, lokale Führer, Musiker, Handwerker, ...). Die Abzüge variieren in der Grösse von Visitenkarten bis zu Panorama-Aufnahmen, die aus mehreren Platten zusammengesetzt sind.