Depuis 1950, le MEN possède dans ses collections un fonds iconographique exceptionnel sur le Japon des années 1860. Celui-ci est constitué de plus de 2500 images (photographies, estampes, peintures, gravures) rassemblées par le Neuchâtelois Aimé Humbert pour la rédaction et l’illustration de l’ouvrage Le Japon illustré, paru aux Editions Hachette en 1870, et qui fait partie des premiers livres publiés sur un pays qui venait à peine de s’ouvrir à l’étranger. A l’occasion du 150ème  anniversaire du Traité d’amitié et de commerce entre la Suisse et le Japon, signé le 6 février 1864, et dont Aimé Humbert fut le maître d’oeuvre, le MEN a mis en valeur cet ensemble en collaboration avec des institutions suisses et japonaises.

Avec 141 tirages d’époque, la partie photographique du fonds Humbert constitue sans aucun doute un de ses atouts majeurs, puisqu’il comprend, outre des images de photographes japonais, une importante série de photographies de Felice Beato. Après avoir notamment couvert la guerre de Crimée, celui-ci s’établit à Yokohama en été 1863 et devient rapidement le photographe occidental le plus entreprenant de l’archipel. A la demande du diplomate suisse, il saisit des paysages et des panoramas et profite du voyage d’Humbert à Edo pour réaliser des photographies d’une capitale alors presque entièrement fermées aux étrangers. D’après les chercheurs Akiyoshi Tani de l’Université de Tokyo et Terry Bennet, de nombreux clichés que Felice Beato a pris avec Aimé Humbert sont inédits car ils ont été acquis avant l’incendie de novembre 1866 qui dévasta l’atelier du photographe situé sans le quartier réservé aux étrangers de Yokohama.Outre des photographies de paysages et des panoramas, l’ensemble comprend des nombreux portraits (samouraïs, chefs locaux, musiciennes, artisans…). La taille des épreuves varie du format carte de visite à des panoramas composés de plusieurs planches.